兩者之間的聯系在于，醫藥物流的一部分屬于冷鏈物流，兩者有交集，但無從屬關系，屬于兩種不同的物流細分區域。二者定義如下：醫藥物流是指：依托一定的物流設備、技術和物流管理信息系統，有效整合營銷渠道上下游資源，通過優化藥品供銷配運環節中的驗收、存儲、分揀、配送等作業過程，提高訂單處理能力，降低貨物分揀差錯，縮短庫存及配送時間，減少物流成本，提高服務水平和資金使用效益，實現的自動化、信息化和效益化。冷鏈物流(Cold Chain Logistics) 泛指冷藏冷凍類食品在生產、貯藏運輸、銷售，到消費前的各個環節中始終處于規定的低溫環境下，以保證食品質量，減少食品損耗的一項系統工程。它是隨著科學技術的進步、制冷技術的發展而建立起來的，是以冷凍工藝學為基礎、以制冷技術為手段的低溫物流過程。 中國農產品冷鏈物流業的快速發展，國家必須盡早制定和實施科學、有效的宏觀政策。冷鏈物流的要求比較高，相應的管理和資金方面的投入也比普通的常溫物流要大。從定義中可以看到，醫藥物流特指的是藥品物流環節，而冷鏈物流的設計行業更廣，任何行業涉及到低溫運輸環節都可以納入冷鏈物流范疇。醫藥物流的某一部分特殊藥品，如疫苗類需要低溫運輸的屬于冷鏈物流的一個品類。